牦牛SCD基因的克隆和生物信息学分析

       摘要: 为研究牦牛硬脂酰辅酶 A去饱和酶(SCD)基因的生物学功能,以正在培育的无角牦牛新品种为研究材料,设计引物对其SCD基因的CDS区进行基因克隆,并利用EMBOSS等程序进行生物信息学分析.结果表明:无角牦牛SCD基因CDS区长度为1080bp,蛋白编码359个氨基酸残基;相比普通牛,无角牦牛新品种SCD基因的扩增片段共检测出7个碱基差异,分别为1次A颠换为C、2次C颠换为A、1次A转换G、2次C转换T、1次T颠换为A;对氨基酸序列比对发现,仅第1、第6、第7处的差异使得对应的氨基酸发生变化;牦牛SCD基因编码蛋白的分子式为C1922H2912N506O514S11,分子量约41.7 kD,理论等电点(pI)为9.23,消光系数83895,不稳定系数44.41,疏水指数86.96,平均亲水性-0.235,属不稳定可溶性碱性蛋白质,在哺乳动物网织红细胞内的半衰期30h;牦牛SCD基因编码蛋白的二级结构由α螺旋、β折叠、延伸链以及随机卷曲结构构成;该蛋白也具有低复杂结构以及跨膜结构.

作者:
付东海 吴晓云 王宏博 褚敏 郭宪 裴杰 包鹏甲 丁学智 阎萍 梁春年
单位:
中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所,兰州,730050 甘肃省牦牛繁育重点实验室,兰州,730050
出处:
《中国草食动物科学》
刊期:
2018年第38卷第3期
基金:
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(1610322017002) 甘肃省草食畜产业技术体系 现代肉牛牦牛产业技术体系(CARS-37) 中国农业科学院牦牛资源与育种创新团队(CAAS-ASTIP-2014-LIHPS)

牦牛SCD基因的克隆和生物信息学分析

摘要:为研究牦牛硬脂酰辅酶 A去饱和酶(SCD)基因的生物学功能,以正在培育的无角牦牛新品种为研究材料,设计引物对其SCD基因的CDS区进行基因克隆,并利用EMBOSS等程序进行生物信息学分析.结果表明:无角牦牛SCD基因CDS区长度为1080bp,蛋白编码359个氨基酸残基;相比普通牛,无角牦牛新品种SCD基因的扩增片段共检测出7个碱基差异,分别为1次A颠换为C、2次C颠换为A、1次A转换G、2次C转换T、1次T颠换为A;对氨基酸序列比对发现,仅第1、第6、第7处的差异使得对应的氨基酸发生变化;牦牛SCD基因编码蛋白的分子式为C1922H2912N506O514S11,分子量约41.7 kD,理论等电点(pI)为9.23,消光系数83895,不稳定系数44.41,疏水指数86.96,平均亲水性-0.235,属不稳定可溶性碱性蛋白质,在哺乳动物网织红细胞内的半衰期30h;牦牛SCD基因编码蛋白的二级结构由α螺旋、β折叠、延伸链以及随机卷曲结构构成;该蛋白也具有低复杂结构以及跨膜结构.

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