中甸牦牛 mtDNA D-Loop 区遗传多样性及系统进化分析

       摘要: 根据牦牛线粒体 DNA 序列设计引物,扩增获得了中甸牦牛线粒体 D-loop 区全序列,并以山羊为外属对牛亚科部分牛种(野牦牛、九龙牦牛、麦洼牦牛、西藏牦牛、天祝牦牛、青海牦牛、大通牦牛、美洲野牛、欧洲野牛、印度野牛、亚洲水牛和普通牛)的 mtDNA D-loop 序列进行了系统进化分析,以期了解中甸牦牛的遗传多样性,从而为中甸牦牛遗传资源的保护、开发和利用奠定理论基础。结果表明:①中甸牦牛线粒体 D-loop 区序列长在890~910 bp 之间,T、C、A、G 四种碱基的平均含量分别为28.78%、24.41%、32.34%和14.47%,存在一定的碱基组成偏倚性;②中甸牦牛共有13种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.9833,平均核苷酸多样性(Pi)为0.00534,遗传多样性较为丰富;③中甸牦牛与已知牛种 mtDNA D-loop 区序列双参数距离显示,其与麦洼牦牛距离最小(0.006),与亚洲水牛距离最大(0.179);④系统进化分析显示,中甸牦牛是我国众多家牦牛类群中的一支,与麦洼牦牛聚为一类,推测其可能与麦洼牦牛因地理位置存在基因交流,由共同祖先进化而来。

作者:
涂世英 汪琦 柴志欣 钟金城
单位:
云南省动物卫生监督所,昆明,650000 西南民族大学,动物遗传育种学国家民委-教育部重点实验室,成都 610041; 西南民族大学,青藏高原研究院,成都 610041
出处:
《中国草食动物科学》
刊期:
2016年第36卷第3期
基金:
四川省科技计划项目(2015JY0248)

中甸牦牛 mtDNA D-Loop 区遗传多样性及系统进化分析

摘要: 根据牦牛线粒体 DNA 序列设计引物,扩增获得了中甸牦牛线粒体 D-loop 区全序列,并以山羊为外属对牛亚科部分牛种(野牦牛、九龙牦牛、麦洼牦牛、西藏牦牛、天祝牦牛、青海牦牛、大通牦牛、美洲野牛、欧洲野牛、印度野牛、亚洲水牛和普通牛)的 mtDNA D-loop 序列进行了系统进化分析,以期了解中甸牦牛的遗传多样性,从而为中甸牦牛遗传资源的保护、开发和利用奠定理论基础。结果表明:①中甸牦牛线粒体 D-loop 区序列长在890~910 bp 之间,T、C、A、G 四种碱基的平均含量分别为28.78%、24.41%、32.34%和14.47%,存在一定的碱基组成偏倚性;②中甸牦牛共有13种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.9833,平均核苷酸多样性(Pi)为0.00534,遗传多样性较为丰富;③中甸牦牛与已知牛种 mtDNA D-loop 区序列双参数距离显示,其与麦洼牦牛距离最小(0.006),与亚洲水牛距离最大(0.179);④系统进化分析显示,中甸牦牛是我国众多家牦牛类群中的一支,与麦洼牦牛聚为一类,推测其可能与麦洼牦牛因地理位置存在基因交流,由共同祖先进化而来。

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