利用水稻MAGIC群体关联定位抽穗期和株高QTL

       摘要: 利用多亲本高代互交系(multi-parent advanced generation inter-cross, MAGIC)群体(DC1、DC2和8way)及其复合群体 DC12 (DC1+DC2)和 RMPRIL (DC1+DC2+8way)进行关联分析定位水稻抽穗期和株高 QTL.2015年和2016年分别在江西和深圳收集3个MAGIC群体抽穗期数据, 2016年在两地收集株高数据, 结合Rice 55K SNP芯片进行基因分型,利用关联分析方法检测到3个影响抽穗期的主效QTL(qHD3、qHD6和qHD8),分别位于第3、第6和第8染色体,且分别与已知抽穗期基因DTH3、Hd3a和Ghd8在同一区域.检测到5个影响株高的QTL(qPH1.1、qPH1.2、qPH1.3、qPH4和qPH6),其中qPH1.1和qPH1.2位于已知基因Psd1和sd1附近,其余3个QTL为影响株高的新位点, 但仅在1个群体和单个环境下被检测到, QTL表达受遗传背景和环境影响大.不同MAGIC群体定位抽穗期和株高的效果不同, 在8亲本MAGIC群体8way及复合群体DC12和RMPRIL分别检测到5、5和6个抽穗期和株高QTL,明显多于4亲本群体DC1的2个和DC2的4个, 而且作图的精度更高, 表现在定位到的QTL显著水平高和与已知基因距离更近, 尤其是复合群体的联合分析(如DC12和RMPRIL)的作图优势更为明显。

作者:
申聪聪 朱亚军 陈凯 陈慧珍 吴志超 孟丽君 徐建龙
单位:
中国农业科学院作物科学研究所, 北京 100081;中国农业科学院农业基因组研究所, 广东深圳 518210 江西省萍乡市农业科学研究所,江西萍乡,337000 中国农业科学院农业基因组研究所,广东深圳,518210 中国农业科学院作物科学研究所, 北京 100081;中国农业科学院农业基因组研究所, 广东深圳 518210;中国农业科学院深圳生物育种创新研究院, 广东深圳 518210
出处:
《作物学报》
刊期:
2017年第43卷第11期
基金:
国家高技术研究发展计划(863计划)项目(2014AA10A601) 农业部引进国际先进农业科学技术计划(948计划)项目(2016-X16) 深圳孔雀团队计划(20130415095710361) 中国农业科学院科技创新工程团队项目资助

利用水稻MAGIC群体关联定位抽穗期和株高QTL

摘要:利用多亲本高代互交系(multi-parent advanced generation inter-cross, MAGIC)群体(DC1、DC2和8way)及其复合群体 DC12 (DC1+DC2)和 RMPRIL (DC1+DC2+8way)进行关联分析定位水稻抽穗期和株高 QTL.2015年和2016年分别在江西和深圳收集3个MAGIC群体抽穗期数据, 2016年在两地收集株高数据, 结合Rice 55K SNP芯片进行基因分型,利用关联分析方法检测到3个影响抽穗期的主效QTL(qHD3、qHD6和qHD8),分别位于第3、第6和第8染色体,且分别与已知抽穗期基因DTH3、Hd3a和Ghd8在同一区域.检测到5个影响株高的QTL(qPH1.1、qPH1.2、qPH1.3、qPH4和qPH6),其中qPH1.1和qPH1.2位于已知基因Psd1和sd1附近,其余3个QTL为影响株高的新位点, 但仅在1个群体和单个环境下被检测到, QTL表达受遗传背景和环境影响大.不同MAGIC群体定位抽穗期和株高的效果不同, 在8亲本MAGIC群体8way及复合群体DC12和RMPRIL分别检测到5、5和6个抽穗期和株高QTL,明显多于4亲本群体DC1的2个和DC2的4个, 而且作图的精度更高, 表现在定位到的QTL显著水平高和与已知基因距离更近, 尤其是复合群体的联合分析(如DC12和RMPRIL)的作图优势更为明显。

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