人乳头状瘤病毒58型L1基因序列测定及同源性分析

       摘要: 目的了解莆田地区人乳头状瘤病毒(HPV)58型L1基因结构特点和变异规律,为临床治疗和预防提供理论依据。方法采用核酸分子快速导流杂交基因分型芯片(HybriMax)进行HPV基因分型,随机选4例HPV58型阳性标本,进行基因克隆测序;进一步用DNAstar,clustalx2.0和Mega5.0软件对测序结果与GenBank中发布的其他国家及国内的32株HPV58型病毒株L1基因核苷酸和氨基酸序列建立同源性矩阵并分析,同时进行进化树构建。结果4株HPV58型病毒株之间的核苷酸同源性为96%~98%,氨基酸同源性为92%~98%;1986年法国株之间的核苷酸同源性为83%~86%,氨基酸同源性为84%~89%;1987年英国株之间的核苷酸同源性为53%~54%,氨基酸同源性为39%~42%;国内2010年香港分离株、2004年江苏分离株之间核苷酸的同源性为96%~100%,氨基酸同源性为92%~99%。从构建系统进化树图可以看出,4株本地区HPV58型病毒株分别与上海和香港EV999963、DQ057326、HM639611病毒株基因背景最紧密。结论本地区HPV58型L1基因具有一定的区域性特点。

作者:
涂海健 俞柳敏 李励军 陈智伟
单位:
莆田学院附属医院检验科 福建莆田351100 莆田学院附属医院妇产科 福建莆田351100 莆田学院附属医院病理科 福建莆田351100
出处:
《健康世界》
刊期:
2019年第27卷第9期

人乳头状瘤病毒58型L1基因序列测定及同源性分析

摘要:目的了解莆田地区人乳头状瘤病毒(HPV)58型L1基因结构特点和变异规律,为临床治疗和预防提供理论依据。方法采用核酸分子快速导流杂交基因分型芯片(HybriMax)进行HPV基因分型,随机选4例HPV58型阳性标本,进行基因克隆测序;进一步用DNAstar,clustalx2.0和Mega5.0软件对测序结果与GenBank中发布的其他国家及国内的32株HPV58型病毒株L1基因核苷酸和氨基酸序列建立同源性矩阵并分析,同时进行进化树构建。结果4株HPV58型病毒株之间的核苷酸同源性为96%~98%,氨基酸同源性为92%~98%;1986年法国株之间的核苷酸同源性为83%~86%,氨基酸同源性为84%~89%;1987年英国株之间的核苷酸同源性为53%~54%,氨基酸同源性为39%~42%;国内2010年香港分离株、2004年江苏分离株之间核苷酸的同源性为96%~100%,氨基酸同源性为92%~99%。从构建系统进化树图可以看出,4株本地区HPV58型病毒株分别与上海和香港EV999963、DQ057326、HM639611病毒株基因背景最紧密。结论本地区HPV58型L1基因具有一定的区域性特点。

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