嗜水气单胞菌AH10(CCTCC AB2014155)的全基因组测序及比较分析

       摘要: 为了解嗜水气单胞菌全基因组信息的结构和功能,对嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)AH10(CCTCC保藏号:AB2014155)进行了全基因组测序.将提取的AH10全基因组DNA进行片段化、构建文库后上机测序;将基因组组装后进行注释和比较分析.结果显示:AH10全基因组序列总长度为4.91 Mb,GC含量为61.1%,共预测到4570个基因,3351个基因具有明确的生物学功能.共找到2592个基因具有直系同源族(cluster of orthologous groups,COG)分类,1281个与代谢通路有关的基因,基因组岛31个.比较基因组学研究发现:AH10比对到SNP位点102481个,与Aeromonas hydrophila YL17基因结构共线性最好,与美国来源的嗜水气单胞菌标准菌株Aeromonas hydrophila ATCC 7966具有较近的亲缘关系,AH10的致病性与溶血素基因hly (hemolysin gene)、气溶素基因aer (aerolysin gene)、黏附素基因ahal (major adhesion gene)、丝氨酸蛋白酶基因ahp (serine protease gene)、细胞兴奋性肠毒素基因alt (cytotonic enterotoxin gene)密切相关.这些基因在嗜水气单胞菌中同源性较高.存在自体诱导物信号分子-2(autoinducer-2)与合成信号分子酶基因(signal molecule synthetase gene,ahy1)和转录调节蛋白基因(transcriptional regular gene,AhyR)群体感应(quorum sensing,QS)系统,不存在Ⅲ型分泌系统(type Ⅲ secretion system,TTSS).通过对AH10全基因组序列进行较为全面的注释和比较统计分析,为嗜水气单胞菌的分子生物学研究提供理论支持.

作者:
张国亮 王浩 张也 许丹 吕利群
单位:
国家水生动物病原库,农业部淡水水产种质资源利用重点实验室,上海海洋大学水产与生命学院,上海201306 国家水生动物病原库,农业部淡水水产种质资源利用重点实验室,上海海洋大学水产与生命学院,上海201306;淡水水产健康养殖湖北省协同创新中心 湖北武汉430070
出处:
《中国水产科学》
刊期:
2016年第23卷第5期
基金:
现代农业产业技术体系建设专项资金项目(CARS-46-12)

嗜水气单胞菌AH10(CCTCC AB2014155)的全基因组测序及比较分析

摘要:为了解嗜水气单胞菌全基因组信息的结构和功能,对嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)AH10(CCTCC保藏号:AB2014155)进行了全基因组测序.将提取的AH10全基因组DNA进行片段化、构建文库后上机测序;将基因组组装后进行注释和比较分析.结果显示:AH10全基因组序列总长度为4.91 Mb,GC含量为61.1%,共预测到4570个基因,3351个基因具有明确的生物学功能.共找到2592个基因具有直系同源族(cluster of orthologous groups,COG)分类,1281个与代谢通路有关的基因,基因组岛31个.比较基因组学研究发现:AH10比对到SNP位点102481个,与Aeromonas hydrophila YL17基因结构共线性最好,与美国来源的嗜水气单胞菌标准菌株Aeromonas hydrophila ATCC 7966具有较近的亲缘关系,AH10的致病性与溶血素基因hly (hemolysin gene)、气溶素基因aer (aerolysin gene)、黏附素基因ahal (major adhesion gene)、丝氨酸蛋白酶基因ahp (serine protease gene)、细胞兴奋性肠毒素基因alt (cytotonic enterotoxin gene)密切相关.这些基因在嗜水气单胞菌中同源性较高.存在自体诱导物信号分子-2(autoinducer-2)与合成信号分子酶基因(signal molecule synthetase gene,ahy1)和转录调节蛋白基因(transcriptional regular gene,AhyR)群体感应(quorum sensing,QS)系统,不存在Ⅲ型分泌系统(type Ⅲ secretion system,TTSS).通过对AH10全基因组序列进行较为全面的注释和比较统计分析,为嗜水气单胞菌的分子生物学研究提供理论支持.

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