偏分离条件下牙鲆生长性状QTL的主成分定位

       摘要: 本研究利用有丝分裂雌核发育建立牙鲆(Paralichthys olivaceus)双单倍体(Doubled Haploids,DH)群体,对牙鲆体重、全长、背鳍长、腹鳍长、体高、尾柄高、头高和躯干长共8组表型性状标准化处理后,进行主成分分析,得到可解释全部性状90.4%的表型主成分性状.然后,基于JoinMap 4、MapDisto、JoinMap 4-DistortedMap、MapDisto-DistortedMap构建4个连锁图谱,用偏分离标记矫正数量性状位点(Quantitative Trait Locus,QTL)基因型条件概率,采用Bayesian模型选择方法定位牙鲆表型主成分性状的加性QTL和上位性QTL.结果表明,用不同方法构建的遗传图谱和表型主成分性状QTL定位结果均有所不同.在图谱构建中,与基于JoinMap 4构建的图谱相比,基于MapDisto构建的图谱中偏分离标记的相对位置和遗传距离都发生了变化,甚至有5个偏分离标记没有被定位到相应的连锁群上;相对于基于JoinMap 4和MapDisto构建的图谱,经DistortedMap校正后的图谱中偏分离标记的相对位置没有发生变化,但是偏分离标记间遗传距离发生了变化.另外,在4个图谱中都检测到3个加性QTL,分别位于6号连锁群上,可解释表型变异的12.95%、14.85%、11.56%和11.76%,9号、22号连锁群上,具有负向加性效应;9号连锁群上,可解释表型变异的13.86%、13.27%、11.17%和11.25%,具有负向加性效应;22号连锁群上,可解释表型变异的5.68%、4.36%、4.97%和3.58%,具有正向加性效应.同时,分别检测到28对、19对、29对和20对上位性QTL,主要分布在6号、7号、9号、17号、20号和22号连锁群上,可解释表型主成分性状变异的2.19%~17.62%、2.40%~22.26%、2.08%~26.0%、3.16%~22.05%.研究结果表明,基于MapDisto软件构建、经DistortedMap软件包矫正后的图谱,定位结果更加准确,但仍需进一步验证.

作者:
李宁 张丽怡 李停 李艳红 刘海金 杨润清
单位:
上海海洋大学水产与生命学院,上海 201306;中国水产科学研究院,农业部水生动物基因组重点实验室,北京 100141 中国水产科学研究院,农业部水生动物基因组重点实验室,北京 100141;南京农业大学无锡渔业学院,江苏无锡 214081 中国水产科学研究院,农业部水生动物基因组重点实验室,北京 100141
出处:
《中国水产科学》
刊期:
2017年第24卷第3期
基金:
国家自然科学基金 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目

偏分离条件下牙鲆生长性状QTL的主成分定位

摘要: 本研究利用有丝分裂雌核发育建立牙鲆(Paralichthys olivaceus)双单倍体(Doubled Haploids,DH)群体,对牙鲆体重、全长、背鳍长、腹鳍长、体高、尾柄高、头高和躯干长共8组表型性状标准化处理后,进行主成分分析,得到可解释全部性状90.4%的表型主成分性状.然后,基于JoinMap 4、MapDisto、JoinMap 4-DistortedMap、MapDisto-DistortedMap构建4个连锁图谱,用偏分离标记矫正数量性状位点(Quantitative Trait Locus,QTL)基因型条件概率,采用Bayesian模型选择方法定位牙鲆表型主成分性状的加性QTL和上位性QTL.结果表明,用不同方法构建的遗传图谱和表型主成分性状QTL定位结果均有所不同.在图谱构建中,与基于JoinMap 4构建的图谱相比,基于MapDisto构建的图谱中偏分离标记的相对位置和遗传距离都发生了变化,甚至有5个偏分离标记没有被定位到相应的连锁群上;相对于基于JoinMap 4和MapDisto构建的图谱,经DistortedMap校正后的图谱中偏分离标记的相对位置没有发生变化,但是偏分离标记间遗传距离发生了变化.另外,在4个图谱中都检测到3个加性QTL,分别位于6号连锁群上,可解释表型变异的12.95%、14.85%、11.56%和11.76%,9号、22号连锁群上,具有负向加性效应;9号连锁群上,可解释表型变异的13.86%、13.27%、11.17%和11.25%,具有负向加性效应;22号连锁群上,可解释表型变异的5.68%、4.36%、4.97%和3.58%,具有正向加性效应.同时,分别检测到28对、19对、29对和20对上位性QTL,主要分布在6号、7号、9号、17号、20号和22号连锁群上,可解释表型主成分性状变异的2.19%~17.62%、2.40%~22.26%、2.08%~26.0%、3.16%~22.05%.研究结果表明,基于MapDisto软件构建、经DistortedMap软件包矫正后的图谱,定位结果更加准确,但仍需进一步验证.

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