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可乐猪乳头数性状全基因组关联分析

       摘要: 乳头数性状是猪最重要的繁殖性状之一,与养猪业的经济效益密切相关.本试验以Illunima Porcine SNP 60K芯片对22头可乐猪进行基因分型,通过Plink 1.07软件,基于混合线性模型对左乳头数、右乳头数和总乳头数性状进行全基因组关联分析.经过严格的质量控制和多重检验之后,共鉴定出全基因组水平潜在关联的SNPs位点4个 (P<2.06E-5);染色体水平显著关联位点3个,潜在关联位点18个;在关联SNP位点可能连锁的上、下游1 cM区间内检索到304个基因,其中Wnt及Fgf信号通路中的候选基因BTRC、FGF5、FGF8和BMP3、RASGEF1B、HMGB3可能影响猪的乳头数性状或繁殖性状.通过全基因组关联分析策略发掘出的关联SNP位点及潜在候选基因,将为可乐猪的选育保种奠定基础.

作者：
谢健 喻昌燕 许瑶 牛熙 冉雪琴 王嘉福
单位：
贵州大学生命科学学院,贵阳,550025 贵州大学农业生物工程研究院,贵阳,550025 贵州大学动物科学学院,贵阳,550025 贵州大学农业生物工程研究院,贵阳 550025;铜仁学院,铜仁 554300
出处：
《中国畜牧兽医》
刊期：
2016年第43卷第11期
基金：
国家高技术研究发展计划(863计划)课题(2013AA102503) 贵州大学创新基金(2015009) 贵州省农业攻关项目(黔科合NY[2013]3073号) 贵州省科技创新人才团队建设专项(黔科合人才团队2009-4006) 贵州大学"本科教学工程"项目(BKJX2012007)

可乐猪乳头数性状全基因组关联分析

摘要：乳头数性状是猪最重要的繁殖性状之一,与养猪业的经济效益密切相关.本试验以Illunima Porcine SNP 60K芯片对22头可乐猪进行基因分型,通过Plink 1.07软件,基于混合线性模型对左乳头数、右乳头数和总乳头数性状进行全基因组关联分析.经过严格的质量控制和多重检验之后,共鉴定出全基因组水平潜在关联的SNPs位点4个 (P<2.06E-5);染色体水平显著关联位点3个,潜在关联位点18个;在关联SNP位点可能连锁的上、下游1 cM区间内检索到304个基因,其中Wnt及Fgf信号通路中的候选基因BTRC、FGF5、FGF8和BMP3、RASGEF1B、HMGB3可能影响猪的乳头数性状或繁殖性状.通过全基因组关联分析策略发掘出的关联SNP位点及潜在候选基因,将为可乐猪的选育保种奠定基础.

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