藏羊白细胞介素-7基因的PCR扩增及生物信息学分析

       摘要: 为了获得藏羊白细胞介素-7(interleukin-7,IL-7)基因序列,并研究其序列特征及编码蛋白的结构和功能,本试验采用RT-PCR方法,从藏羊脾脏中扩增了IL-7基因,应用DNAStar软件分析该基因的核苷酸和氨基酸序列,与经BLAST比对后的参考序列进行同源性比对,并构建系统进化树,同时利用DNAStar软件和在线服务器预测该基因编码蛋白的二级结构、三级结构、亲水性、信号肽和蛋白翻译后修饰位点.结果表明,藏羊IL-7基因长度为531 bp(含终止密码子),编码176个氨基酸.藏羊IL-7基因与绵羊、山羊、藏羚羊、水牛、瘤牛、美洲草原野牛、黄牛和牦牛的IL 7基因核苷酸序列同源性在97.2%~99.8%之间,氨基酸序列同源性在94.9%~99.4%之间,藏羊与绵羊的亲缘关系最近.蛋白结构预测结果表明,IL7蛋白主要由α螺旋组成,是一种亲水性和分泌型蛋白.该蛋白含有6种蛋白质翻译后修饰位点,包括1个N-豆蔻酰化位点、1个酰胺化位点、1个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点、3个N-糖基化位点、4个蛋白激酶C磷酸化位点、6个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点.本研究结果可为藏羊IL-7基因的进一步研究与临床应用提供参考.

作者:
张晓芬 冶贵生
单位:
青海大学,省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室,西宁810016;青海大学农牧学院动物医学系,西宁810016
出处:
《中国畜牧兽医》
刊期:
2017年第44卷第9期
基金:
青海省科技厅项目(2016-ZJ-738) 青海省“高端创新人才千人计划”

藏羊白细胞介素-7基因的PCR扩增及生物信息学分析

摘要:为了获得藏羊白细胞介素-7(interleukin-7,IL-7)基因序列,并研究其序列特征及编码蛋白的结构和功能,本试验采用RT-PCR方法,从藏羊脾脏中扩增了IL-7基因,应用DNAStar软件分析该基因的核苷酸和氨基酸序列,与经BLAST比对后的参考序列进行同源性比对,并构建系统进化树,同时利用DNAStar软件和在线服务器预测该基因编码蛋白的二级结构、三级结构、亲水性、信号肽和蛋白翻译后修饰位点.结果表明,藏羊IL-7基因长度为531 bp(含终止密码子),编码176个氨基酸.藏羊IL-7基因与绵羊、山羊、藏羚羊、水牛、瘤牛、美洲草原野牛、黄牛和牦牛的IL 7基因核苷酸序列同源性在97.2%~99.8%之间,氨基酸序列同源性在94.9%~99.4%之间,藏羊与绵羊的亲缘关系最近.蛋白结构预测结果表明,IL7蛋白主要由α螺旋组成,是一种亲水性和分泌型蛋白.该蛋白含有6种蛋白质翻译后修饰位点,包括1个N-豆蔻酰化位点、1个酰胺化位点、1个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点、3个N-糖基化位点、4个蛋白激酶C磷酸化位点、6个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点.本研究结果可为藏羊IL-7基因的进一步研究与临床应用提供参考.

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