乏情和发情初产母猪卵巢microRNA差异表达分析

       摘要: 为了探索卵巢microRNA(miRNA)在初产母猪生殖调控中的作用,本研究利用Illumina高通量测序技术检测了乏情和发情初产母猪卵巢miRNA的表达谱,并对表达量较高且差异显著的miRNA进行生物信息学分析.结果显示,本研究构建的两个small RNA文库共鉴定出503个miRNAs,其中已知的303个,新预测的200个.在已知的miRNA中,ssc-miR-10b在两个文库中的表达量最高,其次为 ssc-miR-143-3p和ssc-miR-26a;在新预测的miRNA中,chr13_2637_mature在两个文库中的表达量最高,其次为chr8_9994_mature.与发情母猪相比,共有145个miRNAs发生显著变化(read counts>10,∣log2(fold-change)∣>1),上调114个,下调31个.在进一步筛选的31个表达量较高且差异显著的miRNAs(read counts>1000,∣log2(fold-change)∣>1)中,新预测的chr13_2585_mature上调倍数最高,且只在乏情母猪卵巢中表达.31个miRNAs共预测到7388个靶基因,KEGG信号通路分析显示,有2788个靶基因注释到了297个KEGG通路,前20个最富集的通路部分与生殖过程或生殖活动调控相关,表明这31个miRNAs参与了初产母猪的生殖调控.本研究结果丰富了猪miRNA数据资源,为进一步深入研究初产母猪的繁殖性能提供了理论依据.

作者:
任巧玲 白献晓 王璟 郭红霞 陈俊峰 马文涛 和小娥 张家庆 邢宝松
单位:
河南省农业科学院畜牧兽医研究所,郑州,450002 河南省动物卫生监督所,郑州,450008 郑州市动物卫生监督所,郑州,450000
出处:
《中国畜牧兽医》
刊期:
2018年第45卷第5期
基金:
河南省科技攻关计划项目(162102110036) 河南省农业科学院优秀青年科技基金(2016YQ19)

乏情和发情初产母猪卵巢microRNA差异表达分析

摘要: 为了探索卵巢microRNA(miRNA)在初产母猪生殖调控中的作用,本研究利用Illumina高通量测序技术检测了乏情和发情初产母猪卵巢miRNA的表达谱,并对表达量较高且差异显著的miRNA进行生物信息学分析.结果显示,本研究构建的两个small RNA文库共鉴定出503个miRNAs,其中已知的303个,新预测的200个.在已知的miRNA中,ssc-miR-10b在两个文库中的表达量最高,其次为 ssc-miR-143-3p和ssc-miR-26a;在新预测的miRNA中,chr13_2637_mature在两个文库中的表达量最高,其次为chr8_9994_mature.与发情母猪相比,共有145个miRNAs发生显著变化(read counts>10,∣log2(fold-change)∣>1),上调114个,下调31个.在进一步筛选的31个表达量较高且差异显著的miRNAs(read counts>1000,∣log2(fold-change)∣>1)中,新预测的chr13_2585_mature上调倍数最高,且只在乏情母猪卵巢中表达.31个miRNAs共预测到7388个靶基因,KEGG信号通路分析显示,有2788个靶基因注释到了297个KEGG通路,前20个最富集的通路部分与生殖过程或生殖活动调控相关,表明这31个miRNAs参与了初产母猪的生殖调控.本研究结果丰富了猪miRNA数据资源,为进一步深入研究初产母猪的繁殖性能提供了理论依据.

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