羊IL-1Ra基因全长cDNA克隆及生物信息学分析

       摘要: 试验旨在对羊白介素1受体颉颃因子(interleukin-1 receptor antagonist,IL-1Ra)基因进行全长cDNA克隆及生物学分析.根据布鲁氏菌感染羊白细胞层SSH cDNA文库中的IL-1Ra基因序列信息及已知核苷酸序列(GenBank登录号:KC425613.1)设计引物,利用RT PCR结合RACE方法扩增并克隆IL-1Ra基因,对其进行序列及相关分子特性分析.结果表明,羊IL-1Ra基因全长为1 228 bp,可编码174个氨基酸,含有1个完整的IL-1保守结构域和1个IL-1Ra结构域(PHA02651结构域).IL-1Ra分子质量为19 765.8 u,等电点(pI)为5.72,其分子式为C885H1385N235O256S11,且含有信号肽.二级结构分析显示,IL-1Ra分子存在较多的β折叠及受体结合位点,与三级结构预测结果一致,且与人/鼠IL-1Ra分子的空间结构相似度极高,达到90%以上.羊IL-1Ra有IL-1特有的三叶草结构,其酶结合结构域位于TYR47至GLU66之间.将羊IL-1Ra与牛、虎鲸、宽吻海豚、猪、家犬、人、鼠等14个物种进行蛋白质同源性比对,发现在各物种间存在5个高度同源的半胱氨酸位点.系统进化树分析发现,羊IL-1Ra基因全长cDNA所编码的氨基酸序列同山羊、牛单独形成一个分支.本研究结果为今后深入研究IL-1Ra基因的生物学功能奠定了基础.

作者:
水一鸣 刘楠楠 郭兴 邹德颖 翟菲菲 王路鹿 鞠丹迪 张士军 胡盼 李岩松 卢士英 周玉 柳增善 李兆辉 任洪林
单位:
吉林大学动物医学学院,吉林大学人兽共患病研究所,人兽共患病研究教育部重点实验室,长春130062 盘锦检验检测中心,盘锦,124010
出处:
《中国畜牧兽医》
刊期:
2018年第45卷第3期
基金:
吉林省科技发展计划(20150204078NY、20170101149JC)

羊IL-1Ra基因全长cDNA克隆及生物信息学分析

摘要:试验旨在对羊白介素1受体颉颃因子(interleukin-1 receptor antagonist,IL-1Ra)基因进行全长cDNA克隆及生物学分析.根据布鲁氏菌感染羊白细胞层SSH cDNA文库中的IL-1Ra基因序列信息及已知核苷酸序列(GenBank登录号:KC425613.1)设计引物,利用RT PCR结合RACE方法扩增并克隆IL-1Ra基因,对其进行序列及相关分子特性分析.结果表明,羊IL-1Ra基因全长为1 228 bp,可编码174个氨基酸,含有1个完整的IL-1保守结构域和1个IL-1Ra结构域(PHA02651结构域).IL-1Ra分子质量为19 765.8 u,等电点(pI)为5.72,其分子式为C885H1385N235O256S11,且含有信号肽.二级结构分析显示,IL-1Ra分子存在较多的β折叠及受体结合位点,与三级结构预测结果一致,且与人/鼠IL-1Ra分子的空间结构相似度极高,达到90%以上.羊IL-1Ra有IL-1特有的三叶草结构,其酶结合结构域位于TYR47至GLU66之间.将羊IL-1Ra与牛、虎鲸、宽吻海豚、猪、家犬、人、鼠等14个物种进行蛋白质同源性比对,发现在各物种间存在5个高度同源的半胱氨酸位点.系统进化树分析发现,羊IL-1Ra基因全长cDNA所编码的氨基酸序列同山羊、牛单独形成一个分支.本研究结果为今后深入研究IL-1Ra基因的生物学功能奠定了基础.

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