摘要: 白芨（Bletilla striata Rchb ．）为中国珍稀濒危植物，重要的药用植物。该研究基于Illumina测序技术构建白芨基因组文库和微卫星文库，设计白芨微卫星引物，用白芨4个野生种群80个个体对引物进行多态性检测，应用4个白芨近缘种中进行引物的通用性检测，并在此基础上分析了白芨的遗传多样性和遗传分化，以探讨白芨的遗传结构和进化潜能。结果表明：（1）白芨基因组中微卫星片断丰富，共检测出17841条微卫星片断。基于白芨微卫星库对100个位点设计了引物对，经PCR扩增和检测筛选出能够稳定扩增的多态性位点20个，每个位点的复等位基因数（ Na ）在2～6之间，平均为3．85；20对引物的大部分能够在4个白芨近缘种中成功扩增。（2）白芨在物种水平均有较高的遗传多样性（ Na ＝3．85，I＝1．07，H＝0．6147），白芨种群遗传分化强烈（Gst ＝0．43），居群间的基因流较弱（ Nm ＝ 0．8676），居群聚类分析结果均表明地理距离较近的居群具有较近的遗传关系。