应用SNP精准鉴定大豆种质及构建可扫描身份证

       摘要: 为加强大豆种质资源管理及品种保护,本研究构建了一套基于单核苷酸多态性(SNP)标记的快速鉴定体系.选用分布于13个基因的23个SNP标记对599份大豆表型精准鉴定种质进行基因型分析.结果表明,SNP标记的遗传多样性指数范围0~0.722,其中3个SNP在供试材料中不存在碱基差异,2个SNP为特异等位变异.从具有多态性的20个SNP中选出14个(GlySNP14)用于种质鉴定,其中12个为高多态性SNP,2个为特异性SNP.模拟结果表明,GlySNP14的种质鉴别能力(750份种质)高于任意相同数目标记构成的SNP随机组合(最多361份种质).GlySNP14在599份种质中共形成了176个单倍型,其中100份种质具有独特的单倍型.结合这些种质的其他属性,构建了100份种质由38个数字组成的身份证,前10位数字为种质属性信息码,包括品种类别、来源地等;11~38位数字为品种分子指纹码,代表品种的特异分子信息,并最终以一维码和二维码的形式表示,为种质资源简易管理与保护利用提供了有效途径.

作者:
魏中艳 李慧慧 李骏 Yasir A.Gamar 马岩松 邱丽娟
单位:
国家农作物基因资源与遗传改良重大科学工程/农业部种质资源利用重点实验室/中国农业科学院作物科学研究所,北京,100081 广西大学农学院,广西南宁,530004 黑龙江省农业科学院大豆研究所,黑龙江哈尔滨,150086
出处:
《作物学报》
刊期:
2018年第44卷第3期
基金:
农产品质量安全监管(种子管理)项目(2130109) 国家农作物资源共享平台(NICGR2016大豆)项目资助

应用SNP精准鉴定大豆种质及构建可扫描身份证

摘要:为加强大豆种质资源管理及品种保护,本研究构建了一套基于单核苷酸多态性(SNP)标记的快速鉴定体系.选用分布于13个基因的23个SNP标记对599份大豆表型精准鉴定种质进行基因型分析.结果表明,SNP标记的遗传多样性指数范围0~0.722,其中3个SNP在供试材料中不存在碱基差异,2个SNP为特异等位变异.从具有多态性的20个SNP中选出14个(GlySNP14)用于种质鉴定,其中12个为高多态性SNP,2个为特异性SNP.模拟结果表明,GlySNP14的种质鉴别能力(750份种质)高于任意相同数目标记构成的SNP随机组合(最多361份种质).GlySNP14在599份种质中共形成了176个单倍型,其中100份种质具有独特的单倍型.结合这些种质的其他属性,构建了100份种质由38个数字组成的身份证,前10位数字为种质属性信息码,包括品种类别、来源地等;11~38位数字为品种分子指纹码,代表品种的特异分子信息,并最终以一维码和二维码的形式表示,为种质资源简易管理与保护利用提供了有效途径.

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