鲤疱疹病毒2型微滴式数字PCR检测方法的建立及比较分析

       摘要: 本研究建立了定量检测鲤疱疹病毒2型(Cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2)的微滴式数字PCR(Droplet digital PCR,ddPCR)检测方法,并与实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qPCR)检测方法的灵敏性、重复性、特异性和临床样品检测做了比较分析.结果表明,与qPCR相比,ddPCR具有相同的特异性,其灵敏性比qPCR低20倍.在定量CyHV-2 DNA时,ddPCR (R2=0.994)和qPCR (R2=0.994)均表现出良好的线性关系,且2种检测方法间的定量值呈正相关(R2=0.989).在定量检测相同稀释度的CyHV-2 DNA时,qPCR的定量值始终比ddPCR高10倍.ddPCR的组内和组间重复变异系数(CV)分别为0.59%-11.26%和6.55%-23.21%,而qPCR为16.57%-27.56%和22.31%-56.73%,说明ddPCR具有更好的稳定性.在临床样品定量检测时,ddPCR的检出率稍高于qPCR.本研究建立的ddPCR能够准确定量检测CyHV-2,将为CyHV-2相关研究提供有益参考.

作者:
赵欣 贾鹏 刘莹 王津津 史秀杰 潘广 郑晓聪 于力 何俊强 刘荭 吴志新
单位:
华中农业大学水产学院 武汉430070;深圳出入境检验检疫局动植物检验检疫技术中心 深圳 518045 深圳出入境检验检疫局动植物检验检疫技术中心 深圳 518045;深圳市检验检疫科学研究院 深圳 518001 华中农业大学水产学院 武汉430070
出处:
《渔业科学进展》
刊期:
2017年第38卷第4期
基金:
国家质量监督检验检疫总局科技项目(2013IK043) 深圳市科技创新委国际合作项目(GJHZ20150316155421411)共同资助

鲤疱疹病毒2型微滴式数字PCR检测方法的建立及比较分析

摘要:本研究建立了定量检测鲤疱疹病毒2型(Cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2)的微滴式数字PCR(Droplet digital PCR,ddPCR)检测方法,并与实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qPCR)检测方法的灵敏性、重复性、特异性和临床样品检测做了比较分析.结果表明,与qPCR相比,ddPCR具有相同的特异性,其灵敏性比qPCR低20倍.在定量CyHV-2 DNA时,ddPCR (R2=0.994)和qPCR (R2=0.994)均表现出良好的线性关系,且2种检测方法间的定量值呈正相关(R2=0.989).在定量检测相同稀释度的CyHV-2 DNA时,qPCR的定量值始终比ddPCR高10倍.ddPCR的组内和组间重复变异系数(CV)分别为0.59%-11.26%和6.55%-23.21%,而qPCR为16.57%-27.56%和22.31%-56.73%,说明ddPCR具有更好的稳定性.在临床样品定量检测时,ddPCR的检出率稍高于qPCR.本研究建立的ddPCR能够准确定量检测CyHV-2,将为CyHV-2相关研究提供有益参考.

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