杜泊羊速激肽TAC1基因克隆及生物信息学分析

       摘要: TAC1基因在哺乳动物神经系统中广泛表达,其编码蛋白参与季节性生殖活动的调节.该研究对杜泊羊速激肽(Tachykinin,TK)基因序列进行了克隆及生物信息学分析.结果表明:克隆出杜泊羊TAC1基因组序列,得到3个克隆片段.通过生物信息学分析,克隆片段一的长度为860 bp,经BLAST对比,与云南黑山羊第4号染色体相似度达93%,基因片段缺失4%;克隆片段二的长度为881 bp,经BLAST对比,与云南黑山羊第4号染色体相似度达100%,没有基因片段的缺失;克隆片段三的长度为846 bp,经BLAST对比,与云南黑山羊第4号染色体相似度达98%,没有基因片段的缺失,但有3个突变位点,分别为位于85 bp处的G/C突变、位于88 bp处和629 bp处的G/A突变、位于108 bp处和290 bp处的T/C突变.杜泊羊TAC1基因开放阅读框全长423 bp,共编码140个氨基酸.与GenBank已发表的其他动物TAC1基因参考序列进行比较,结果显示杜泊羊与绵羊、瘤牛、野猪、猕猴、人和大熊猫的TAC1基因同源性分别为98.9%、97.3%、88.1%、85.8%、85.0%、84.5%.通过蛋白质结构预测,发现杜泊羊TAC1基因编码蛋白没有跨膜结构域.

作者:
施会彬 张小辉 田志龙 吴至博 王玉琴 甄吉福 刘玉梅 杨芳 王建平 李元晓
单位:
河南科技大学动物科技学院,洛阳,471003 河南科技大学动物科技学院,洛阳 471003;河南省肉羊繁育工程技术研究中心,洛阳 471003
出处:
《中国草食动物科学》
刊期:
2018年第38卷第5期
基金:
国家自然科学基金项目(31472095) 国家现代农业(肉羊)产业技术体系建设专项(CARS-38)

杜泊羊速激肽TAC1基因克隆及生物信息学分析

摘要: TAC1基因在哺乳动物神经系统中广泛表达,其编码蛋白参与季节性生殖活动的调节.该研究对杜泊羊速激肽(Tachykinin,TK)基因序列进行了克隆及生物信息学分析.结果表明:克隆出杜泊羊TAC1基因组序列,得到3个克隆片段.通过生物信息学分析,克隆片段一的长度为860 bp,经BLAST对比,与云南黑山羊第4号染色体相似度达93%,基因片段缺失4%;克隆片段二的长度为881 bp,经BLAST对比,与云南黑山羊第4号染色体相似度达100%,没有基因片段的缺失;克隆片段三的长度为846 bp,经BLAST对比,与云南黑山羊第4号染色体相似度达98%,没有基因片段的缺失,但有3个突变位点,分别为位于85 bp处的G/C突变、位于88 bp处和629 bp处的G/A突变、位于108 bp处和290 bp处的T/C突变.杜泊羊TAC1基因开放阅读框全长423 bp,共编码140个氨基酸.与GenBank已发表的其他动物TAC1基因参考序列进行比较,结果显示杜泊羊与绵羊、瘤牛、野猪、猕猴、人和大熊猫的TAC1基因同源性分别为98.9%、97.3%、88.1%、85.8%、85.0%、84.5%.通过蛋白质结构预测,发现杜泊羊TAC1基因编码蛋白没有跨膜结构域.

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